その後は順調（？）

一旦 gcc-3.4.6 にするのはトラブルも無く終わったんで、これで glibc-2.4 が入れられると思ったのだが # emerge --update --deep --newuse world してもアップデートするもんが無いそうだ。/etc/portage/package.mask を確認したが止めてる訳でもなく、どうやら # emerge -e world とかしてるうちに glibc-2.4 が入ったんだろう。ということにしておいた。
なので gcc-4.1 のアップデートに戻って

# nano -w /etc/portage/package.mask
-->=sys-devel/gcc-4.1  //消す

# emerge -u sys-devel/gcc
# gcc-config -l  //確認
# gcc-config i686-pc-linux-gnu-4.1.1
# fix_libtools_files.sh gcc-3.4.6
# emerge --oneshot libtool
# emerge -e system
# emerge -e world  //<-今ここ

で無事終わる、はず。